La sécheresse persistante et les vagues de chaleur estivales réduisent drastiquement le tirant d'eau sur les principales voies navigables du continent. En Alsace et tout au long de la frontière rhénane, Le Rhin subit un étiage exceptionnel qui perturbe le trafic commercial. Au Port de Strasbourg, les opérations de chargement tournent désormais au ralenti. Les bateaux de marchandises ne peuvent plus charger leurs cales à pleine capacité sous peine de toucher le fond du lit fluvial. Les armateurs se voient contraints d'alléger considérablement les convois ou d'immobiliser une partie de la flotte à quai, ce qui désorganise l'ensemble des liaisons vers les terminaux maritimes du nord de l'Europe.
Cette rupture logistique affecte directement le secteur de l'énergie et la distribution des hydrocarbures. D'après Capital, des stations-service se retrouvent privées d'approvisionnement régulier dans le Grand Est. Les flux de produits pétroliers habituellement acheminés depuis les dépôts et raffineries rhénanes doivent être réorientés vers la route et le rail. Face aux cuves vides, les autorités préfectorales ont dû délivrer des dérogations temporaires pour autoriser la circulation des camions-citernes durant les week-ends, afin de réapprovisionner les points de vente en détresse.
Les conséquences touchent également l'agriculture régionale, alors que le calendrier des moissons impose d'évacuer les stocks agricoles. Selon le reportage diffusé par Franceinfo, Antoine Wuchner détaille l'engorgement grandissant des hangars portuaires : « Les silos sont encore pleins de marchandises, de maïs anciennes récoltes, de blés nouvelles récoltes qu'il va falloir également sortir, explique le responsable des ventes. Et puis on attend la nouvelle récolte qui même si elle est inférieure à ce ». Les coopératives se retrouvent dans l'impossibilité d'évacuer leurs volumes de grains vers les acheteurs internationaux par voie d'eau.
Les solutions de remplacement terrestres atteignent de leur côté un niveau de saturation critique. Comme le rapporte BFMTV, les capacités disponibles sur le réseau ferré et le transport routier ne permettent pas de compenser la baisse d'activité fluviale. Les chargeurs industriels font face à une flambée tarifaire, car il faut mobiliser un nombre démultiplié de véhicules terrestres pour transporter la cargaison équivalente d'une seule péniche. D'après les analyses présentées par La Tribune, les surcoûts logistiques explosent et pèsent lourdement sur la rentabilité des entreprises dépendantes de cet axe vital.
Au-delà du territoire français, le ralentissement fluvial fragilise les chaînes industrielles chez les Allemands. D'après les informations relayées par L'Opinion, le manque d'eau met en difficulté les usines sidérurgiques et chimiques qui dépendent du fleuve pour leur approvisionnement en charbon et en matières premières. L'institution monétaire Bundesbank a formellement averti que « Le nombre limité de voies navigables praticables et la forte hausse des coûts de transport risquent de peser fortement sur la production industrielle et la croissance des exportations ». La crise hydrologique menace ainsi de freiner l'activité économique de toute l'Europe occidentale.