Le calendrier d'application de la réforme sur la dématérialisation obligatoire des échanges commerciaux provoque une contestation grandissante parmi les acteurs économiques et les responsables politiques. Alors que l'échéance fixée au début de septembre approche pour imposer l'émission et la réception sous format numérique de l'ensemble des flux marchands, les craintes relatives à la sécurité informatique se multiplient. Les entreprises privées s'inquiètent directement des risques d'interception d'informations financières sensibles, notamment après les intrusions ayant visé l'administration fiscale au début de l'été. Ce piratage massif contre la DGFIP a exposé des fichiers fiscaux de contribuables ainsi que de structures professionnelles, provoquant une remise en cause immédiate de la capacité de l'appareil public à garantir l'intégrité des données marchandes.
L'inquiétude demeure particulièrement forte au sein des petites et moyennes structures, où les dirigeants redoutent le pillage de leurs secrets d'affaires et la multiplication des campagnes d'hameçonnage. Interrogé par Europe 1, le dirigeant d'entreprise Jean-Marc Barki a exprimé cette angoisse face à la centralisation imposée : « Si l'Etat est hacké ou qui que ce soit est hacké, cela veut dire que nos concurrents pourraient avoir la totalité de nos clients, de nos factures, nos prix, nos marges, etc. Je pense que c'est très dangereux ». Le déploiement s'appuie actuellement sur un ensemble de 138 intermédiaires techniques partenaires certifiés pour acheminer les pièces comptables. Néanmoins, la multiplication des passerelles numériques accroît les craintes d'espionnage industriel et de rançongiciels ciblant les flux de trésorerie.
Face à cette situation, l'opposition politique s'est emparée du dossier pour exiger l'arrêt pur et simple de la mise en œuvre de la mesure. Le maire de Cannes David Lisnard est intervenu publiquement pour réclamer l'abandon du calendrier prévu, estimant que « Il semble évident que l’Etat n’est pas fiable. Il ne peut à ce jour assumer les devoirs pour lui qui découlent des obligations qu’il impose aux autres, en l’occurrence aux entreprises. Par conséquent et de façon réaliste, l’obligation généralisée de » la mesure devait être suspendue sans délai. De son côté, l'eurodéputée Sarah Knafo a abondé dans ce sens, déclarant : « Un État incapable de protéger nos données et qui ne nous dit pas comment il compte s’améliorer n’est pas légitime pour centraliser encore davantage nos informations. » Ces prises de position pointent l'impréparation technique des infrastructures publiques.
La contestation réunit un éventail politique étendu qui dénonce également la charge bureaucratique pesant sur l'artisanat et le tissu productif local. Le dirigeant politique Éric Ciotti a adressé une demande expresse au gouvernement pour geler le dispositif, affirmant que « Cette obligation de facturation électronique rajoute inutilement de l’incertitude et du risque dans une période d’instabilité économique et de grande fragilité financière pour des millions de PME et TPE ». Durant les universités d'été de sa formation politique, Jean-Luc Mélenchon a relayé des préoccupations similaires concernant l'impact opérationnel : « Mettez-vous à la place du petit artisan, du petit commerçant, du petit paysan qui tout à coup doit répondre à cette obligation et se dit: 'Mais comment vais-je faire pour ne pas me tromper?' ». Le Gouvernement français se retrouve ainsi sous pression pour reporter ou aménager sa réforme.